IFR49

HDR Olivier Colliot - 24/06/2011

Dominique Geffroy — 2011-06-22T12:03:42Z

La soutenance d'HDR d'Olivier Colliot portera sur le thème : "Contributions au traitement d'images cérébrales pour la recherche de biomarqueurs"

Elle aura lieu vendredi 24 juin à 14h30 dans l'auditorium de l'ICM.

Titre : "Contributions au traitement d'images cérébrales pour la recherche de biomarqueurs"
Lieu : auditorium de l'ICM
Date : vendredi 24 juin à 14h30
Plan d'accès : http://cogimage.dsi.cnrs.fr/acces/acces.htm

Rapporteurs
M. Christian Barillot, Directeur de Recherches au CNRS (IRISA)
M. Louis Collins, Professeur à l'Université McGill
Mme Catherine Garbay, Directrice de Recherches au CNRS (LIG)

Examinateurs
Mme Isabelle Bloch, Professeur à Telecom-ParisTech
M. Didier Dormont, Professeur à l'Université Pierre et Marie Curie
M. Emmanuel Durand, Professeur à l'Université Paris-Sud
M. Jean-François Mangin, Directeur de Recherches au CEA (Neurospin)
Mme Michèle Sebag, Directrice de Recherches au CNRS (LRI)
M. Alain Trouvé, Professeur à l'Ecole Normale Supérieure de Cachan

High Field MR Physicist position in Neurospin

Dominique Geffroy — 2011-04-27T11:53:41Z

NeuroSpin is an ultra high field MRI facility dedicated to translational research in brain imaging research, from animal models to clinical applications. It is located about 25km southwest from Paris and offers a unique MRI platform equipped with two clinical MRI systems (3T and 7T), and with two preclinical systems (7T and 17.2T). A home-designed, whole-body 11.7T MRI system will complete the installation in 2013. Neurospin has been set to facilitate multidisciplinary research teams. It is organized around 5 laboratories: a biomedical research laboratory (LBIOM), a nuclear magnetic resonance laboratory (LRMN), a neuro-computing imaging laboratory (LNAO), a cognitive neuroscience laboratory (LCOGN), and an integrated biology laboratory (LBI).

The LRMN laboratory is opening a position for a high field MRI physicist. The physicist's responsibilities will include the management and development of research projects, the development of novel methods/tools dedicated to human brain imaging (anatomical and functional) at ultra-high field (7T and 11.7T). The successful candidate is also expected to actively participate to NeuroSpin platform tasks (developments of MRI/ MRS pulse sequences, quality control of MRI data, and development of new technologies) in connection with ongoing applicative research programs. Supervision and training of graduate students and post-docs will also be encouraged.

A PhD in MRI physics and biomedical imaging is required, with a minimum of 5 years experience in MR physics and pulse sequence programming (in academia or industry). The candidate should have relevant publications in the field.

Desirable skills include:

ability to work within a multidisicplinary environment of biologists, clinicians, physicists, mathematicians, experts in image processing.
ability to initiate collaborations with internal and external teams
successful grant record
programming skills and familiarity with neuromaging software platforms (FSL, SPM, BrainVISA, etc.)

For further information and application please contact:

Cyril Poupon
CEA NeuroSpin, Bat 145
Point courrier 156
F91191 Gif-sur-Yvette, France
cyril.poupon@cea.fr
phone: +33 1 69 08 77 76

Denis Le Bihan
CEA NeuroSpin, Bat 145
Point courrier 156
F91191 Gif-sur-Yvette, France
denis.lebihan@gmail.com
phone: + 33 1 69 08 81 97

Poste de Physicien IRM à haut champs à Neurospin

Dominique Geffroy — 2011-04-27T11:47:07Z

NeuroSpin, centre de recherche en neuroimagerie par IRM en champ intense, est dédié aux neurosciences cliniques, précliniques et cognitives. NeuroSpin repose sur une plateforme de systèmes IRM exceptionnels : 2 imageurs IRM cliniques (3T et 7T) et 2 imageurs IRM précliniques (7T et 17.2T). Un imageur clinique de 11.7T conçu par les équipes de physique du CEA en partenariat avec un industriel leader de l'imagerie biomédical est actuellement en cours de construction (livraison fin 2013) ce qui constituera une première mondiale. NeuroSpin est organisé autour de 5 laboratoires intégrant des équipes couvrant l'ensemble des domaines de la neuroimagerie (cliniciens, biologistes, physiciens, experts en traitement de l'image, mathématiciens, cogniticiens, …).

Le laboratoire de Résonance Magnétique Nucléaire (LRMN) en charge du suivi et de l'évolution du plateau technique IRM et en charge de la recherche appliquée et fondamentale en physique de l'IRM ouvre un nouveau poste de physicien IRM spécialiste des hauts champs, pour une durée indéterminée.

Le domaine de responsabilité de ce physicien IRM couvrira le pilotage et le développement de projets de recherche, le développement de nouvelles méthodes et outils dédiés à la neuroimagerie chez l'homme (anatomique et fonctionnelle) à très haut champ (7T et 11.7T). Le candidat participera également activement aux tâches de logistique de la plateforme de NeuroSpin (développements de séquences IRM ou SRM, contrôle qualité des données IRM, et développement de nouvelles technologies) en rapport avec les programmes de recherche en cours de développement au sein du centre. La mission comprend aussi la supervision et l'encadrement d'étudiants en thèse ou de post- doctorants.

Une thèse en physique de l'IRM et en imagerie bio-médicale est requise, avec un minimum de cinq années d'expérience dans le domaine de la physique de l'IRM, si possible à haut champ, et de la programmation de séquences (expérience académique ou industrielle). Le candidat devra faire preuve d'un nombre significatif de publications scientifiques dans le domaine.

Les qualités humaines et scientifiques suivantes seront particulièrement appréciées :

un esprit d'initiative et une autonomie dans le travail
le goût du travail en équipe et au sein d'un environnement de recherche multidisciplinaire
un goût pour la méthode et la recherche
une capacité à initier des collaborations avec les équipes internes ou en partenariat avec des équipes externes
une capacité à répondre aux appels d'offre du domaine
des compétences en programmation de séquences et des connaissances approfondies des plateformes logicielles de neuroimagerie.

Pour plus d'informations et pour toute candidature, merci de contacter :

Cyril Poupon
CEA NeuroSpin, Bat 145
Point courrier 156
F91191 Gif-sur-Yvette, France
cyril.poupon@cea.fr
phone : +33 1 69 08 77 76

Denis Le Bihan
CEA NeuroSpin, Bat 145
Point courrier 156
F91191 Gif-sur-Yvette, France
denis.lebihan@gmail.com
phone : + 33 1 69 08 81 97

English traduction : High Field MR Physicist position in Neurospin

Offre d'emploi : Assistant(e) administratif ou chargé(e) de gestion administrative

Dominique Geffroy — 2011-04-05T10:41:10Z

L'équipe de neuroimagerie COGIMAGE du centre de recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (CR-ICM) est à la recherche d'un(e) assistant(e) administratif ou d'un(e) chargé(e) de gestion administrative.

CONTEXTE

L'emploi sera localisé dans l'équipe COGIMAGE du centre de recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (CR-ICM) sur le site de la Pitié-Salpêtrière à Paris. L'ICM est un nouvel institut créé en 2010 qui regroupe environ 600 chercheurs en neurosciences. L'imagerie cérébrale est l'un de ses thèmes de recherche majeurs. L'équipe est fortement impliquée dans la recherche sur les maladies neurodégénératives et en particulier la maladie d'Alzheimer.

Niveau de l'emploi et rémunération :

En fonction du niveau d'étude et de l'expérience.

Fiche de poste détaillée PDF jointe :


Fiche de poste

CONTACT

Olivier Colliot
Institut du Cerveau et de la Moelle épinière
CRICM – CNRS UMR 7225 – Inserm UMR_S 975
Université Pierre et Marie Curie
email : olivier.colliot@upmc.fr
Tél : 01 57 27 43 65

Poste Ingénieur conception et développement pour l'imagerie nucléaire

Dominique Geffroy — 2011-04-05T10:26:46Z

Contexte

Ce poste d'ingénieur est proposé par le CATI (Centre d'Acquisition et de Traitement des Images) qui est une nouvelle infrastructure nationale créée dans le cadre du plan Alzheimer. Cette infrastructure de service vise à promouvoir l'utilisation de l'imagerie dans les recherches et les essais thérapeutiques sur la maladie d'Alzheimer. Les services offerts vont du suivi des acquisitions jusqu'à l'analyse des données. Cette infrastructure pilotée par le CEA (Neurospin) et le Groupe Hospitalier Pitié Salpêtrière rassemble de nombreux acteurs de la neuroimagerie en France : un large réseau de services de radiologie et de médecine nucléaire, un centre expert en charge du contrôle qualité des acquisitions et des analyses automatisées, et un réseau de laboratoires de recherche algorithmique qui fournit des logiciels innovants au centre expert. Le plan Alzheimer finance la création de cette infrastructure, notamment à travers l'embauche de 50 personnes sur trois ans. Une fois opérationnelle, cette infrastructure sera pérennisée sous la forme d'une société dont les ressources financières proviendront des services rendus au monde de la recherche et aux groupes pharmaceutiques.

Mission

L'ingénieur sera en charge du développement des outils de traitement d'image et d'analyse de données pour l'imagerie nucléaire. Pour mettre au point ces outils, qui seront développés suivant un cahier des charges défini par les experts du CATI, l'ingénieur devra intégrer des outils existants, implémenter des méthode décrites dans la littérature scientifique et développer des méthodes originales. Les développements se feront dans le cadre de la plate-forme BrainVISA (http://brainvisa.info). L'ingénieur sera basé dans le laboratoire LIF de l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière (http://imed.jussieu.fr) et sera amené à travailler au centre NeuroSpin de Saclay où se situe l'équipe de développement de BrainVISA. Il s'intégrera dans une équipe pluridisciplinaire ayant plus de 10 ans d'expérience dans le développement de logiciels scientifiques pour la neuroimagerie. Un candidat avec un bagage technologique solide, un bon relationnel et un esprit de synthèse pourra aisément gagner en autonomie et prendre des responsabilités au sein des équipes techniques du CATI.

Profil recherché

Diplôme d'ingénieur ou doctorat. Voir fiche de poste ci-jointe :


Fiche de poste

Contact

Yann Cointepas - yann.cointepas@cea.fr
CEA - Neurospin Tel : +33 1 69 08 78 31
Bâtiment 145, Point Courrier 156
91191 Gif-sur-Yvette cedex, France

Poste d'ingénieur - Analyse d'images IRM - CENIR - ICM

Dominique Geffroy — 2011-03-07T13:17:26Z

Le poste

Le CENIR - ICM recherche un ingénieur plateforme spécialiste en analyse d'image afin de développer et réaliser des projets de recherche en neuroimagerie humaine.

Description de la structure

Le poste est localise dans l'Institut du Cerveau et de la Moelle pinière (ICM) au sein de l'Hôpital Pitié-Salpêtrière à Paris.

L'ICM est un nouvel institut de neuroscience qui a ouvert ses portes début 2011 (http://www.icm-institute.org). L'ICM regroupe sur un même site les patients et les chercheurs, médecins et ingénieurs autour de l'étude du cerveau et de la moelle épinière : plus de 400 chercheurs permanents et 25.000m² de laboratoires.

L'ICM permet des interactions fortes entre cliniciens, ingénieurs et chercheurs en neuroscience.

L'ICM dispose d'une plateforme de neuroimagerie unique, le Centre de NeuroImagerie de Recherche - CENIR (http://www.cenir.org), équipée de deux IRM 3T et d'une IRM 7T corps entier humaines, d'une IRM 11,7T Bruker pour les rongeurs, d'un magnéto-encéphalographe (MEG) et d'appareils d'EEG, de stimulation magnétique transcrânienne (TMS) et d'imagerie optique IRM compatibles.

Activités

Analyse d'images IRM dans le cadre de protocoles de recherche : volumétrie voxel à voxel (VBM), imagerie de diffusion (VBDTI, TBSS, tractographie), IRM fonctionnelle d'activation et de repos,
Développement de procédures nouvelles d'analyse et automatisation des méthodes de traitements Assistance technique aux chercheurs utilisateurs de la plateforme sur Matlab et logiciels de neuroimagerie Participation à l'écriture d'abstracts et d'articles
Evaluation du matériel d'imagerie
Acquisition d'images IRM dans le cadre de l'activité de la plateforme
Aide à la gestion administrative du protocole : recrutement volontaires, gestions des créneaux, etc.

Qualifications requises

Programmation en Matlab, Python + NiPy, C++
Connaissances solides en analyse d'images
Bon contact et relations interpersonnelles

Qualifications souhaitées

Niveau de formation minimum : Master en imagerie médicale et/ou traitement d'images, Ingénieur
Thèse de science en neuroimagerie ou post-doctorat préféré - Utilisation des logiciels SPM, FSL, MATLAB, NEDICA, …
Expérience en rédaction d'articles et présentation de données

Langage

Français
Anglais

Salaire

Proportionnel à l'expérience

Contacts

Stéphane Lehéricy

stephane.lehericy@upmc.fr

Directeur du CENIR

Eric Bardinet

eric.bardinet@upmc.fr

Directeur technique de la plateforme

Stage de master en traitement d'image - Neurospin

Dominique Geffroy — 2011-01-20T17:24:17Z

Durée : 6 mois

Lieu :
Unité CEA-INSERM de Neuroimagerie Cognitive
Centre de recherches Neurospin – Saclay (91)

Contacts :

Ghislaine Dehaene-Lambertz - Email : ghislaine.dehaene-lambertz@cea.fr - Tél. : 01 69 08 81 72
Jessica Dubois - Email : jessica.dubois@cea.fr - Tél. : 01 69 08 81 72
François Leroy - Email : francois.leroy@cea.fr - Tél. : 01 69 08 79 37

Description :

Pour étudier le développement du cerveau du nourrisson, et suivre les changements du cortex en fonction de la maturation et de l'âge, il est essentiel d'avoir accès à un ensemble de mesures précises (par exemple l'épaisseur du cortex, la taille et la forme des sillons). Certaines mesures peuvent être obtenues à partir d'images IRM (Imagerie par Résonance Magnétique), une fois que le cortex est extrait ou segmenté. Une segmentation manuelle, par détourage de la région d'intérêt, est longue et fastidieuse. Au contraire, une segmentation automatique est rapide mais se heurte à des difficultés importantes chez les nourrissons et les très jeunes enfants : contraste insuffisant entre matière blanche et cortex, plissements fins du cortex, fluctuations fortes du contraste à travers le cerveau car les régions ne deviennent pas matures au même rythme, etc. Une approche semi-automatique (basée sur une segmentation automatique à laquelle des corrections manuelles peuvent être apportées par l'utilisateur) semble alors un bon compromis entre temps de traitement et performance.

L'objectif de ce stage est de mettre en place et de valider un logiciel de segmentation dédié au cerveau immature, permettant une extraction précise et rapide du cortex en développement avec une aide simple et efficace de l'utilisateur. Différents outils de segmentation automatique sont actuellement disponibles au sein du laboratoire. Dans un premier temps, un prototype d'interface de segmentation sera réalisé (langages python et pyQt), dans le but d'être intégré au sein du logiciel BrainVISA, dédié à l'analyse de données cérébrales (http://brainvisa.info). Dans un second temps, le prototype inclura une interface de corrections manuelles. On pourra notamment orienter l'utilisateur vers les régions où la probabilité d'échec de la segmentation automatique est importante (contraste local très faible, topographie anormale de la surface extraite, etc.). On envisagera des méthodes telles que la déformation régulière de la surface à partir de quelques points de contours, la segmentation en régions à partir d'échantillons d'intensités des tissus prélevés localement ou la modélisation de l'effet de volume partiel. Dans un troisième temps, le prototype sera utilisé et validé pour segmenter les images IRM de 25 nourrissons âgés de 1 à 5 mois.

Le stage s'effectuera au sein de l'équipe de neuroimagerie développementale, qui étudie le développement des facultés cognitives chez les enfants et les nourrissons (langage, vision, etc.) (http://www.unicog.org/bblab). Vous travaillerez en étroite collaboration avec l'équipe de neuroimagerie assistée par ordinateur (LNAO), notamment en charge du développement de BrainVISA. Ces deux équipes sont regroupées au sein du nouveau centre de recherche de neuroimagerie du CEA (Neurospin), qui est équipé des instruments IRM les plus performants (http://www-dsv.cea.fr/neurospin/).

Conférence Ladislav Tauc les 16 et 17 décembre 2010

Dominique Geffroy — 2010-12-07T10:54:10Z

La conférence en neurobiologie Ladislav Tauc 2010 se tiendra comme chaque année à Gif-sur-Yvette. Organisée cette année les 16 et 17 décembre 2010 conjointement par l'UNIC CNRS UPR 3293 et le GDR CNRS MSPC, la conférence s'intitulera :

« De l'Analyse Mathématique des Images à la Neurogéométrie du Cerveau. »

INSCRIPTION GRATUITE / Programme détaillé et affiche – soumission des posters (date limite 10 décembre) sur le site : http://www.conftauc.cnrs-gif.fr/

You are invited to participate to the 2010 Ladislav Tauc Conference in Neurobiology, on the topic of :

« From Mathematical Image Analysis to Neurogeometry of the Brain »,

December 16-17, 2010, salle de la Terrasse, CNRS, Gif sur Yvette, France

Free registration / detailled program and poster submission (deadline december 10th) :

http://www.conftauc.cnrs-gif.fr/

Concours Chercheurs (CR et DR) Inserm 2011

Dominique Geffroy — 2010-12-07T10:33:57Z

La campagne des concours chercheurs INSERM au titre de l'année 2011 est ouverte depuis le lundi 6 décembre 2010.

Tableau de répartition des postes :

Répartition des postes

Modalités de candidature : http://www.eva2.inserm.fr

Clôture des inscriptions et dépôt des dossiers avant le 6 janvier 2011 - 16 heures
Application deadline : January 6th, 2011 - 4.00.pm (GMT+1)*

Formation JIRFNI "IRM fonctionnelle & anatomique : une introduction aux principes et outils, formation théorique et démonstrations pratiques" - Lyon février 2011

Dominique Geffroy — 2010-12-06T13:58:24Z

Formation Inter-régionale "IRM fonctionnelle & anatomique : une introduction aux principes et outils, formation théorique et démonstrations pratiques"

Cette formation entre dans le cadre des JIRFNI, Journées Inter-Régionales de Formation en Neuro-Imagerie, et est co-organisée par l'Inserm Rhône-Alpes Auvergne et le CNRS Rhône Auvergne.

Cette formation aura lieu sur LYON du 07 au 11 février 2011.

La date limite d'inscription est fixée au vendredi 17 décembre 2010.

Le programme de cette formation "IRM initiation" a été complètement refondu pour cette version 2011 : la formation s'est enrichie de nouvelles applications concrètes (explicitées tout au long de la formation) et de différents TD & démonstrations en sous-groupes (donc en petits effectifs). Une introduction à VBM, des illustrations sous SPM8 et sous Brainvisa finiront la semaine de formation.

Affiche et dossier d'inscription sur le site des JIRFNI.